Trong nông nghiệp, dù là về canh tác, chế biến, phân phối hay tiêu dùng, thì vai trò chủ đạo của phương pháp canh tác hữu cơ vẫn luôn là nhằm duy trì sức khỏe của hệ sinh thái và các sinh vật sống từ loài có kích thước nhỏ nhất cho đến con người chúng ta.

Ngoài công dụng cải thiện và duy trì cảnh quan tự nhiên và hệ sinh thái nông nghiệp, phương pháp canh tác hữu cơ còn đảm bảo, duy trì cũng như gia tăng độ phì nhiêu màu mỡ lâu dài của đất, củng cố các chu kỳ sinh học tại nông trại, đặc biệt là các chu trình dinh dưỡng, bảo vệ cây trồng dựa trên việc phòng ngừa thay cho cứu chữa, đa dạng các vụ mùa và các loại vật nuôi, phù hợp với điều kiện địa phương. Phương pháp này chính là phương pháp nuôi, trồng rau quả, thực phẩm mà không sử dụng bất cứ một loại hoá chất độc hại nào, chẳng hạn như thuốc trừ sâu, thuốc bảo vệ thực vật, thuốc diệt cỏ cùng các loại phân hoá học. Phương pháp canh tác và sản xuất hữu cơ chú trọng đến cân bằng hệ sinh thái tự nhiên hơn, nhằm tạo ra những sản phẩm có chất lượng an toàn với người sử dụng và đem lại hiệu quả kinh tế cao. 

Hiện nay có 2 phương pháp canh tác hữu cơ:

+ Canh tác một cách tự nhiên 

+ Canh tác nhờ sự tác động của kỹ thuật vi sinh.

Phương pháp tự nhiên cho năng suất thấp nhưng giá thành cao. Phương pháp ứng dụng kỹ thuật vi sinh giúp cây trồng có đủ dinh dưỡng nên năng suất cao, chất lượng tốt hơn.

- Để đạt được hiểu quả như mong đợi, khi áp dụng phương pháp canh tác hữu cơ, người nông dân cần tuân thủ nghiêm ngặt các nguyên tắc cơ bản sau:

• Nguyên tắc sức khỏe: canh tác hữu cơ cần duy trì và nâng cao sức khỏe và độ màu mỡ đất, sức khỏe cây trồng, động vật và con người, đó là điều thiết yếu không thể tác rời ra khỏi phương pháp này 

• Nguyên tắc sinh thái: canh tác hữu cơ phải dựa trên các hoạt động giúp duy trì chu kỳ hoạt động của hệ thống sinh thái và cùng làm việc với hệ sinh thái đó. Sự phù hợp giữa quy trình sản xuất và hệ sinh thái làm giảm thiểu tối đa các vấn đề gây ra trong canh tác

• Nguyên tắc công bằng: canh tác hữu cơ cần phải được xây dựng dựa trên mối quan hệ đảm bảo sự công bằng về mặt lợi ích giữa cuộc sống của các sinh vật và môi trường sinh thái. Ngoài ra còn cần có sự cân bằng giữa nhu cầu của con người và xã hội với các biện pháp bảo vệ môi trường sinh thái

• Nguyên tắc chăm sóc: canh tác hữu cơ phải được kiểm soát một cách chặt chẽ, thận trọng và có trách nhiệm nhằm bảo vệ tuyệt đối sức khỏe, hạnh phúc của thế hệ hiện tại cũng như thế hệ tương lai và môi trường.

Phương pháp canh tác hữu cơ luôn luôn tránh hoặc loại bỏ phần lớn việc sử dụng phân bón tổng hợp, thuốc trừ sâu, các chất điều tiết sự tăng trưởng của cây trồng, và các chất phụ gia trong thức ăn gia súc. Ngoài những nguyên tắc chủ yếu được nêu ở trên, phương pháp canh tác hữu cơ còn phải tuân theo một số nguyên tắc khác về loại đất, hạt giống, nguồn nước tưới và nước uống, môi trường ngoại cảnh và về việc kiểm soát côn trùng, cỏ dại.

Những nguyên tắc này đều hướng đến một mục đích hàng đầu của canh tác hữu cơ là tối đa hóa sức khỏe và năng suất của các cộng đồng độc lập về đời sống đất đai, cây trồng, vật nuôi và con người.